http://www.ird.fr/toute-l-actualite/science-en-direct/campagne-biopapua/(view_mode)/rss fr http://www.ird.fr/toute-l-actualite/science-en-direct/campagne-biopapua/biopapua-universite-de-papouasie-nouvelle-guinee-a-port-moresby Wed, 20 Oct 2010 00:00:00 +0200 L’équipe scientifique s’est envolée de Rabaul le 19 octobre à midi. Gilbert Duval reste à bord pour accompagner l’équipage pendant les 7 jours que durera le trajet jusqu’à Nouméa d’où l’ALIS repartira pour une autre mission. Le 20, Eric Pante repart vers les USA et Ruei-Yi Lee vers Taiwan. Justine Thubaut et Sarah Samadi ne repartiront que le 21. La journée du 20 nous permet donc d’aller rendre visite à nos collaborateurs papous dans les locaux de l’université qui hébergent les collections nationales d’histoire naturelle du pays. © IRD / Sarah Samadi Edwin, Ralph et Alfred dans les locaux des collections Ralph Mana a convié une journaliste de la presse nationale à cette rencontre. Nous évoquons les premiers résultats de la campagne et notamment la grande diversité de la faune profonde mais aussi des environnements caractérisés par des assemblages faunistiques différents. Grâce aux photos diffusées aux spécialistes en direct de la campagne, nous sommes déjà en mesure de pointer de nouvelles espèces à décrire. Bien sûr, avant de pouvoir faire un véritable inventaire de ces faunes, de nombreux spécialistes devront se pencher sur les collections que nous avons réunies et cela prendra parfois de nombreuses années. Nous évoquons l’importance de ces collections pour le pays notamment dans le cadre des activités de pêches mais surtout d’exploitations minières tant terrestres que prochainement des sites hydrothermaux profonds. Les collections que nous avons accumulées permettront en effet dans les années à venir d’évaluer l’impact de ces activités sur la faune profonde. Nos collaborateurs souhaitent communiquer autour des résultats de notre campagne vers le grand public. Dans cette optique, émerge l’idée de traduire le journal de campagne en anglais mais également en pigin. Nous visitons ensuite les collections de l’université qui accueilleront les collections ichtyologiques ainsi que les éponges et les coraux durs que nous avons collectés. Ces collections devront être identifiées notamment avec l’aide de nos collaborateurs taïwanais. Nos collaborateurs papous souhaitent profiter de ce projet pour se former à ce travail d’identification. Cette expérience a donc été satisfaisante pour les deux partenaires et nous repartons avec des idées pour de nouveaux projets dans un avenir proche avec probablement de nouvelles actions sur le terrain incluant un volet de formation des équipes de l’université mais aussi de diffusion des connaissances vers les populations locales. © IRD / Sarah Samadi Oiseau de paradis Pour finir, nos hôtes nous conduisent au jardin botanique, qui jouxte l’université, afin d’y admirer l’oiseau de paradis, emblème vivant du pays. Journal de bord de la campagne / Voir tous les billets postés Posez vos questions à l'équipe de chercheurs en campagne à bord de l'Alis http://www.ird.fr/toute-l-actualite/science-en-direct/campagne-biopapua/biopapua-dernier-jour-de-mission Mon, 18 Oct 2010 00:00:00 +0200 Lundi 18 octobre Pour finir la mission, nous faisons une dernière tentative le long de la Nouvelle Irlande, face à Rabaul où l’équipe scientifique débarquera demain. Les pentes sont abruptes et la côte bordée de grands fleuves. Une première opération à la drague ne nous remonte que des cailloux. A la seconde opération, réalisée au chalut le long de la ligne des 1000 m, est perdue car le chalut craque juste avant d’arriver sur le pont. Nous décidons de nous arrêter sur cette 156ième opération. Les modifications de programme ont réduit l’étendue géographique de nos explorations mais nous rapportons de riches collections dont les spécialistes attendent déjà l’arrivée à Paris avec impatience. Le retour par fret maritime prendra encore quelques mois. © IRD / Sarah Samadi, "avec retardateur" L’équipage et l’équipe scientifique au grand complet Journal de bord de la campagne / Voir tous les billets postés Posez vos questions à l'équipe de chercheurs en campagne à bord de l'Alis http://www.ird.fr/toute-l-actualite/science-en-direct/campagne-biopapua/biopapua-wide-bay Sun, 17 Oct 2010 00:00:00 +0200 Dimanche 17 octobre. Avant dernier jour de la mission, nous espérons encore trouver une bonne zone d’accumulation de bois coulés telle que celles que nous avions trouvées le long de l’île de la Nouvelle Guinée. La première drague est traînée dans le canyon sous-marin qui prolonge la rivière. Cette drague "cascadeuse" nous remonte essentiellement des galets mais aussi quelques débris de feuilles. La seconde opération au chalut suit le canyon dans la descente et submerge le pont de toutes sortes de débris végétaux, y compris des troncs d’arbres complets. Les opérations suivantes nous permettent de descendre ainsi jusqu’à plus de 1000m. © IRD / Sarah Samadi Bouquets de champignons sur bois coulés Dans le chalut remonté de 1000 m, nous avons le plaisir de trouver une grosse branche d’arbre colonisé par des bouquets de ce petit champignon non encore décrit. Cette belle récolte viendra utilement compléter les collections que nous destinons à notre collègue Joëlle Dupont du MNHN qui a participé à plusieurs campagnes "bois coulés" et a déjà décrit une nouvelle espèce de champignon profond, attribuée à un nouveau genre. Ce nouveau champignon, elle a choisi de le nommer Alisea longicolla en hommage au travail de l’équipage de l’ALIS grâce à qui nous faisons de si belles récoltes. © IRD / Sarah Samadi Etoile de mer des bois de la famille des Caymanostellidae Nombreux organismes échantillonnés sur ces bois coulés restent à étudier tant du point de vue de leur diversité que de la nature de leur dépense avec ce substrat. Ainsi ces étoiles de mer sont strictement associées aux bois coulés, mais quelle est la nature de cette dépendance ? Se nourrissent-elles directement du bois ? Broutent-elles le film bactérien ? Ou bien ce servent-elles de ce substrat comme abris ? Journal de bord de la campagne / Voir tous les billets postés Posez vos questions à l'équipe de chercheurs en campagne à bord de l'Alis http://www.ird.fr/toute-l-actualite/science-en-direct/campagne-biopapua/biopapua-jacquinot-bay Sat, 16 Oct 2010 00:00:00 +0200 Samedi 16 octobre. La côte Est de la Nouvelle Bretagne borde une fosse vertigineuse qui plonge à plus de 8000m de fond. Comme la côte, les fonds marins sont abrupts et peu propices au travail au chalut. Contrairement à nos attentes, cette baie ne nous fournit pas d’échantillons de bois coulés intéressants. Pourtant, un canyon sous-marin prolonge le fleuve principal qui débouche dans cette baie. Nos dragues ne nous remontent que de beaux galets bien roulés auxquels aucun organisme n’est fixé. © IRD / Sarah Samadi Gastéropode associé à une holothurie Nous remontons cependant de nombreux organismes intéressants. Parmi les découvertes du jour l’association entre un gastéropode et une holothurie. Ce gastéropode appartient à la famille des Eulimidés dont toutes les espèces sont parasites d’échinodermes. Mais il est cependant difficile de savoir si une espèce donnée de gastéropode parasite une ou plusieurs espèces d’échinodermes. De même, lorsqu’un nouvel organisme est découvert, on peut en première approche croire qu’il a une distribution géographique restreinte (endémisme). Pourtant, que représente quels que coups de chaluts et de dragues par rapport à l’immensité des fonds océaniques ? © IRD / Sarah Samadi Copépode sur l’œil de son hôte La connaissance du milieu marin profond reste très parcellaire et ce biais d’échantillonnage est encore plus important quand il s’agit d’évaluer la spécificité d’une association souvent connue qu’au travers de rares échantillons. C’est l’accumulation de ces données acquises au hasard de nos récoltes que cette connaissance peut néanmoins progresser. Au cours de cette dernière partie de la mission Biopapua, nous avons par exemple échantillonné ce fantastique copépode (un crustacé) sur l’œil de son hôte ou encore ces gastéropodes tranquillement installés autour de la bouche de leur hôte. © IRD / Sarah Samadi Gastéropode associé à un oursin Ces échantillons viendront rejoindre les données acquises lors de précédentes missions faites dans d’autres endroits. Journal de bord de la campagne / Voir tous les billets postés Posez vos questions à l'équipe de chercheurs en campagne à bord de l'Alis http://www.ird.fr/toute-l-actualite/science-en-direct/campagne-biopapua/biopapua-pointe-est-de-la-nouvelle-irlande Fri, 15 Oct 2010 00:00:00 +0200 Vendredi 15 octobre. Nous avons repéré sur les cartes deux grands fleuves qui se jettent sur la côte nord de la Nouvelle Irlande. Nous projetons donc d’y travailler pendant deux jours. Nous quittons les îles Feni pour rejoindre cette grande île. Hélas, nous découvrons rapidement qu’un courant fort longe la côte. © IRD / Sarah Samadi Alcyonaire (cnidaire) ancrée dans son éponge, elle-même fixée à la roche Cela se traduit dans les chaluts par des cailloux, encore des cailloux et très peu d’organismes vivants. Ceux que l’on trouve sont bien accrochés à leurs substrats comme cet alcyonaire ancré dans une éponge, elle-même solidement fixée à la roche ou encore cette holothurie (qui appartient à la famille des Psolidae ; cette famille ne comprend pas les espèces comestibles connues sous le nom de bêches de mer). Cette holothurie vit fixée à la roche et se nourrit des particules en suspension dans l’eau. Nous passons la pointe de l’île en espérant trouver des zones moins battues et plus intéressantes, mais rien n’y fait, cette journée est décevante et nous décidons donc de réviser le programme et de nous diriger vers la Nouvelle Bretagne. © IRD / Sarah Samadi Holothurie fixée De telles journées sont inévitables quand on explore des régions peu connues. Nous nous consolons en savourant les bons petits plats mitonnés par Nicolas le chef cuistot. Journal de bord de la campagne / Voir tous les billets postés Posez vos questions à l'équipe de chercheurs en campagne à bord de l'Alis http://www.ird.fr/toute-l-actualite/science-en-direct/campagne-biopapua/biopapua-au-large-de-bougainville Wed, 13 Oct 2010 00:00:00 +0200 Mardi 12 et mercredi 13 octobre. Nous commençons le 12 octobre en travaillant assez loin des côtes sur un mont sous-marin dont nous soupçonnions l’existence au vu des cartes maritimes. Nous y trouvons notamment quatre exemplaires de ce magnifique gastéropode Pleurotomariidae. A première vue, il ressemble au Petrochocus boucheti récolté en Nouvelle Calédonie mais le spécialiste du groupe nous a indiqué que ce spécimen appartiendrait au genre Bayerotrochus . © IRD / Sarah Samadi Bayerotrochus sp. Ces fonds durs nous rapportent de nombreux mollusques vivants qui viendront alimenter la collection « Barcode of life » que nous constituons depuis 2004. Ce programme international a pour objectif de renouveler les outils de l’expertise taxonomique. L’idée étant d’utiliser une séquence d’ADN pour attribuer des spécimens à des espèces connues. Cela implique de documenter la variabilité de cette séquence-cible (le code-barre ADN) pour des spécimens examinés par des spécialistes et attribués à des espèces nommées. Les spécimens sont conservés dans des collections (dans les muséums d’histoire naturelle principalement). Les données (photo, localité, etc …) concernant ces spécimens ainsi que leurs code-barres documentent une base de données accessible par internet ( www.barcodinglife.org). Une des applications de cet outil est de permettre d’attribuer à une espèce des fragments d’un spécimen (comme par exemple, l’espèce à laquelle appartient le sashimi qui est dans votre assiette) ou bien des œufs, des larves (illustration dans Puillandre et al. Molecular Ecology Ressources, 2009). Nos équipes sont impliquées dans ce projet pour les crustacés et les mollusques marins. Travaux que cela implique à bord : prise de photos pour les crustacés qui perdent leur couleur une fois conservés en éthanol et pour les mollusques ; extraction de l’individu de sa coquille pour éviter qu’il se rétracte dans sa coquille (ce qui nuit à la fixation des tissus). Dans le cas des organismes marins que nous récoltons, la connaissance de la diversité des espèces est loin d’être complète. Un des paris du projet Barcode of Life est que l’accumulation des données génétiques, y compris sur des spécimens non attribués à des espèces déjà inventoriées, facilitera la découverte de nouvelles espèces. © IRD / Sarah Samadi Réparation du chalut Les données génétiques seules ne permettent cependant pas de décrire des espèces. Une taxonomie dite intégrative est en plein essor. Les approches modernes de la taxonomie prennent en effet en compte aussi bien les caractères classiquement utilisés en taxonomie (caractères morphologiques et anatomiques) que ces caractères génétiques. Elles utilisent également tous les outils d’analyses disponibles (reconstruction phylogénétique, génétique des populations, morphométrie, etc.). Pour une illustration de ces approches menées dans nos équipes, voir par exemple Puillandre et al. 2010 Journal of Molluscan Studies. Nous poursuivons notre travail au large de Bougainville le 13 octobre. Hélas, la zone choisie s’avère difficile, les courants sont trop forts et les fonds très durs. Encore une fois, le travail de réparation du chalut occupe longuement l’équipage. Prochaine destination, les îles Feni. Journal de bord de la campagne / Voir tous les billets postés Posez vos questions à l'équipe de chercheurs en campagne à bord de l'Alis http://www.ird.fr/toute-l-actualite/science-en-direct/campagne-biopapua/biopapua-au-large-des-iles-feni Thu, 14 Oct 2010 00:00:00 +0200 Jeudi 14 octobre Ces deux îles, Ambitle et Babase, de petites tailles et loin des grandes îles devraient être relativement pauvres en apport terrigène et donc fournir des substrats durs sur lesquels nous espérons trouver les cnidaires sur lesquels travaillent Eric Pante. Après avoir cartographié tout le tour des deux îles pendant la nuit, notre choix se porte sur la zone nord dont le profil bathymétrique est le moins accidenté et le moins pentu. La zone répond à nos attentes et rapidement, Eric trouve dans les bailles quelques exemplaires de Chrysogorgia, un genre de gorgones qui fait l’objet de sa thèse. © IRD / Sarah Samadi Spécimen de Chrysogorgia C’est l’un des genres les plus diversifiés de gorgones, il a une large distribution géographique et bathymétrique. On le retrouve dans tous les océans et à toutes les latitudes, de 10m à 4000 m de fond ! Eric cherche donc à clarifier la systématique de ce genre, en validant les délimitations d’espèces basées sur la morphologie à l’aide de marqueurs moléculaires et en retraçant les relations de parentés entre ces espèces. L’objectif est de comprendre quels sont les facteurs écologiques et géographiques qui expliquent la diversité de ce genre. Les études phylogénétiques ont montré que la majorité des espèces de la famille à laquelle appartient Chrysogorgia sont profondes. Une des questions à laquelle Eric cherche à répondre est de savoir si au cours de l’évolution, Chrysogorgia s’est échappée une ou plusieurs fois des profondeurs pour coloniser les eaux peu profondes. A bord, Eric s’occupe également de l’échantillonnage des autres cnidaires. Une de ses collègues, spécialiste des anémones est intéressée par nos récoltes. © IRD / Sarah Samadi Anémone relaxée au menthol Pour pouvoir étudier leur diversité – et éventuellement décrire de nouvelles espèces – il est nécessaire de les relaxer, par exemple avec une solution de menthol, afin notamment qu’elles déploient leurs tentacules. De nombreuses anémones vivent en association avec des Bernard l’Hermite. En voici une, relaxée au menthol. En participant au projet Cnidarian Tree of Life, Eric est en relation avec de nombreux taxonomistes de cnidaires et sa présence sur nos campagnes, permet d’espérer une meilleure valorisation de ces collections, jusqu’à maintenant peu étudiées. Journal de bord de la campagne / Voir tous les billets postés Posez vos questions à l'équipe de chercheurs en campagne à bord de l'Alis http://www.ird.fr/toute-l-actualite/science-en-direct/campagne-biopapua/biopapua-au-large-de-l-ile-de-woodlark Sun, 10 Oct 2010 00:00:00 +0200 Dimanche 10 octobre Aujourd’hui, nous travaillons sur une zone relativement plate et peu accidentée à l’ouest de l’île de Woodlark. Il y a de la détection au sonar au dessus du fond, ce qui indique que les fonds sont habités. Après avoir vérifié à la drague que le fond était suffisamment meuble, nous travaillons au chalut et remontons des poissons, des crevettes et d’autres crustacés en grandes quantités. © IRD / Sarah Samadi Noix de Nippa occupée par des moules de l’espèce Adipicola longissima Parmi eux, nous trouvons des fragments de bois et surtout de nombreuses noix de Nippa. Chacune des noix que nous remontons est habitée par des moules. Grâce à cet échantillonnage, Justine Thubaut pourra tenter de comprendre les modalités de recrutement de ces moules. Est-ce que toutes les moules qui sont dans une même noix forment une famille ou bien se retrouvent-elles réunies par hasard simplement parce que le milieu est favorable ? Cette question est importante pour comprendre les processus de différenciation génétique dans les populations et ainsi de mieux comprendre les processus évolutifs qui expliquent la diversité de ces organismes. © IRD / Sarah Samadi Poubelle à la mer Pourtant loin de zones très peuplées, nos chaluts remontent des déchets qui signent une présence humaine. Aujourd’hui, nous remontons un sac poubelle rempli de vieux habits, probablement abandonnés par un navire japonais si on en croit l’écusson trouvé avec. En fin de journée, nous quittons cette zone et nous nous dirigeons vers l’île de Bougainville, de l’autre côté de la mer des Salomon. Cette zone est particulièrement profonde avec des fosses qui plongent à plus de 8000m de fond. Rendez-vous donc le 12 octobre, au large de Bougainville. Journal de bord de la campagne / Voir tous les billets postés Posez vos questions à l'équipe de chercheurs en campagne à bord de l'Alis http://www.ird.fr/toute-l-actualite/science-en-direct/campagne-biopapua/biopapua-au-large-des-recifs-et-iles-lusancay Sat, 09 Oct 2010 00:00:00 +0200 Aujourd’hui, l’objectif est de travailler sur les fonds durs qui bordent la fosse Trobriand. Cette fosse plonge à plus de 5000 m de fond. Nous peinons à trouver des fonds adéquats, mais le résultat en vaut la chandelle. Nous accumulons de nombreux échantillons de mollusques, de crustacés et de coraux profonds typiques de ces fonds. © IRD / Sarah Samadi Spécimen de Buccinidae, genre Nassaria Nous trouvons notamment des spécimens du genre Nassaria sur lesquels Magalie Castelin a travaillé pendant sa thèse. Dans ce genre, chaque espèce peut présenter des formes de coquille très différentes en fonction de l’habitat où elle se trouve. En effet, chez les gastéropodes, les divergences morphologiques de la coquille peuvent refléter non pas des différences entre les espèces, mais des différences liées à l’environnement. Dans ce cas, la distinction entre les variations intra-spécifique et interspécifique est difficile à établir. En utilisant les outils génétiques, l’étude faite par Magalie a montré une diversité spécifique insoupçonnée au sein du genre Nassaria . © IRD / Sarah Samadi Les matelots ramandent le chalut,. Ramander, tout un savoir-faire ! Cette journée de travail très satisfaisante pour l’équipe scientifique donne cependant beaucoup de travail à l’équipage. Le filet du chalut est endommagé à la première opération de chalutage, à la seconde c’est la perche qui rompt. Pendant que l’équipe scientifique est occupée par le tamisage et le tri, les marins ramandent ou changent la perche brisée. © IRD / Sarah Samadi Remplacement de la perche brisée Journal de bord de la campagne / Voir tous les billets postés Posez vos questions à l'équipe de chercheurs en campagne à bord de l'Alis http://www.ird.fr/toute-l-actualite/science-en-direct/campagne-biopapua/biopapua-au-large-de-mambare-bay Fri, 08 Oct 2010 00:00:00 +0200 Nous continuons notre route le long de la Nouvelle Guinée et travaillons au large de Mambare bay. Cette baie dans laquelle débouchent de grands fleuves est bordée d’une grande zone récifale. Nous travaillons au large de ce récif. Au dessus de 500m, la pente est assez importante et le substrat est dur. Nous devons donc travailler à la drague. Plus bas, nous retrouvons la boue et les substrats végétaux. Nous finissons par un chalut traîné à 1000m qui rapporte un grand morceau de bois colonisé par de nombreux organismes. Nous trouvons notamment des patelles du genre Pectinodonta . Cette prise est particulièrement intéressante car les études que nous avons entreprises à partir des spécimens récoltés lors des campagnes précédentes suggèrent que les différentes espèces de ce genre ont une distribution bathymétrique restreinte. © IRD / Sarah Samadi Poisson profond Ainsi, dans certaines zones, différentes espèces sont présentes mais ne se côtoient pas car elles ne se trouvent pas aux mêmes profondeurs. Nous cherchons donc à documenter la distribution géographique et bathymétrique de ses espèces. En retraçant l’histoire généalogique de ses espèces, ces données permettront de poser des hypothèses sur les mécanismes à l’origine de la différenciation des espèces au cours de l’évolution. Cette prise profonde remonte également des organismes typiques des milieux profonds comme ce poisson. 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