Les 11 et 12 octobre s’est tenu à Yaoundé au Cameroun le bilan de ARIACOV, projet emblématique de l’IRD dans la riposte à l’épidémie de Covid en Afrique.

Cet atelier placé sous le haut patronage du ministère de la Santé Publique du Cameroun a réuni près de 80 participants représentants les instituts des pays africains impliqués dans ce projet – Sénégal, Guinée, Cameroun, Bénin, Ghana et République démocratique du Congo (RDC) – et des représentants de l’Agence française de développement (AFD) ainsi que de l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Ces deux journées ont permis de présenter les différents résultats du projet et de discuter des implications en matière de santé publique.

Un projet pluridisciplinaire pour répondre à une double urgence : agir et comprendre

En plein confinement, le 10 avril 2020, très peu de temps après que l’OMS ait déclaré l’épidémie mondiale, l’AFD a lancé l’initiative « COVID-19 Santé en commun » pour apporter une réponse ciblée et partenariale à la crise sanitaire.

Une semaine après, l’IRD entame des discussions avec l’AFD : l’Agence marque son accord pour financer le projet ARIACOV très rapidement.

Piloté par l’unité TransVIHMI, le projet associe également les unités CEPED et MERIT. Son originalité ? Intégrer une action de santé publique en renforçant les capacités de diagnostic et de dépistage de laboratoires africains à une action de recherche opérationnelle à la fois pour comprendre la dynamique de l’infection en Afrique mais aussi pour évaluer l’acceptabilité sociale des mesures publiques, y compris la vaccination, mises en place pour répondre à l’épidémie.

Sa conception et sa réalisation en un temps record a été le fruit d’échanges intenses avec les partenaires historiques d’unités de l’IRD. Le réseau international de TransVIHMI a notamment été mobilisé en s’appuyant sur son expérience de la réponse aux épidémies, comme à Ebola en particulier : les laboratoires mixtes internationaux PréVIHMI en RDC et au Cameroun et Respire en Guinée, les sites ANRS|MIE du Sénégal et du Cameroun ainsi que les partenaires de l’unité MERIT au Bénin et au Ghana et du CEPED au Sénégal.

Quels résultats ?

Les acquis d’ARIACOV sont nombreux.

Renforcement des capacités de dépistage

Les laboratoires de référence des six pays membres d’ARIACOV (Bénin, Ghana, Guinée, Sénégal, Cameroun, République démocratique du Congo) ont bénéficié d’un renforcement en équipement et en consommables associés à des formations contribuant à l’effort international pour le diagnostic direct (PCR). Le diagnostic sérologique, établi à partir de la détection de la présence d’anticorps produits en réaction à l’infection, a également été rendu possible grâce au transfert de la technique Luminex de référence mise au point à TransVIHMI. La technique permet d’établir le diagnostic après la phase aiguë,  quand  il n'y a plus de virus détectable. Un facteur important étant donnée la multiplicité des formes asymptomatiques.

Recherche opérationnelle

Dynamique de l’infection : une diffusion du virus massive en population générale au gré des vagues épidémiques successives

Pour étudier la dynamique de l’infection, la même méthode épidémiologique fondée sur le sondage en grappe en population générale a été utilisée dans tous les pays et répétée en fonction des vagues épidémiques successives. Le test sérologique basé sur la technique Luminex a été utilisé dans tous les pays ARIACOV. Capable de détecter différents antigènes, ce test possède une sensibilité et une spécificité sur les échantillons africains proche de 100 %. Surtout il permet de différencier la présence d’anticorps due à une infection naturelle de celle due à la vaccination, et d’identifier le variant Omicron.

ARIACOV montre de la façon la plus fiable et de façon comparable entre les pays que de la diffusion du virus SARS-COV2 a été majeure en population générale allant d’environ 20 % après la première vague, puis 40 % après la deuxième vague à plus de 70 % après la vague Omicron démontrant ainsi l’importance de l’immunité acquise au sein des populations africaines des pays ARIACOV.

Analyse des connaissances et attitudes des populations et des soignants

Les très riches résultats en sciences humaines et sociales (SHS) ont fait l’objet de plusieurs articles et de 20 notes de politiques (accessibles sur le site ARIACOV https://www.ird.fr/ariacov) abordant de nombreuses questions telles que la politique des masques, l’acceptabilité des mesures gouvernementales, la qualité de la prise en charge et de façon très approfondie l’acceptabilité du vaccin et les enjeux de la vaccination.

Des enseignements et recommandations de santé publique

Ces résultats, croisant données épidémiologiques et en SHS, ont été activement discutés en particulier avec les représentants de l’OMS à la lumière de la politique vaccinale COVID en Afrique. Le constat est que la couverture vaccinale en Afrique est hétérogène mais globalement extrêmement faible. À la lumière des résultats ARIACOV - 70 % d’immunité en population générale -,  un consensus a émergé pour prôner des campagnes de vaccination ciblées sur les plus fragiles et non plus généralisées à toute la population.

D’ARIACOV à AFROSCREEN

Le succès d’ARIACOV associant l’AFD et l’IRD en répondant à un double enjeu de renforcement des capacités et de production de données scientifiques capitales pour guider les politiques publiques connait une suite avec AFROSCREEN. Ce projet associe les partenaires IRD d’ARIACOV à ceux du réseau des Instituts Pasteur et d’ANRS|MIE  autour de la question clef de la surveillance des variants du SARS-CoV-2 circulants et leurs conséquences. Ce projet permet le renforcement des capacités de séquençage de 25 laboratoires de 13 pays avec les nouvelles techniques de séquençage (Next-Generation-Sequencing/ NGS).  Pour le réseau IRD, il s’agit de s’appuyer sur les compétences de TransVIHMI en matière de séquençage et d’analyses bio-informatiques des données. Ces compétences sont là aussi transférées avec, à terme, la constitution de plateformes séquençage couvrant d’autres maladies émergentes, et dans une perspective One Health.

> Pour en savoir plus : ARIACOV