L’IRD, le Cirad et l’Université du Zimbabwe, partenaires de recherche de longue date sur les maladies animales et zoonotiques, lancent un nouveau projet sur la diversité génétique des coronavirus présents chez les chauves-souris du Zimbabwe.
Les coronavirus sont une famille de virus dont les types « alpha » et « beta » affectent les mammifères. Le SARS-Cov-2, causant la pandémie de Covid-19, est un coronavirus de type beta. Il y a quelques mois, les chercheurs zimbabwéens et français ont identifié différents types de coronavirus au sein de deux colonies de chauves-souris microchiroptères insectivores et cavernicoles dans les districts de Kwekwe et Hurungwe, au centre et au nord du pays.
« L’habitat de ces colonies de chauves-souris est fréquemment visité par la population locale, qui récolte le guano pour fertiliser ses cultures. Il est donc primordial de connaître les pathogènes portés par ses chauves-souris, car ils pourraient être transmis à l’Homme. La pandémie actuelle est notamment liée à la réduction de l’habitat des animaux sauvages », explique Dr Elizabeth Gori, spécialiste en biochimie vétérinaire et en biologie moléculaire à l’Université du Zimbabwe.
Mieux réagir lors d’une prochaine épidémie
Des chercheurs du Zimbabwe pénètrent dans la grotte des chauves-souris insectivores (Hipposideros caffer) pour effectuer un échantillonnage fécal pour la recherche virale.
© IRD - Florian Liégeois
Les chercheurs ont prélevé des fèces de chauves-souris appartenant à ces colonies. De retour au laboratoire, ces échantillons sont analysés et les coronavirus en sont extraits. Les scientifiques procèdent ensuite au séquençage de la signature génétique du virus, son ARN, afin de dévoiler ses caractéristiques génétiques.
« Si nous connaissons mieux les caractéristiques de ces virus, nous serons en capacité de mieux réagir, grâce à des diagnostics rapides et adaptés aux souches connues. On prépare en quelque sorte une boite à outils en cas de transmission de nouveau coronavirus à l’Homme », précise Dr. Florian Liégeois, virologue à l’IRD et porteur du projet.
En complément de ces analyses, les chercheurs prévoient de collecter de nouveaux échantillons de fèces, de salive et de sang chez ces mêmes chauves-souris, afin de mieux appréhender la diversité génétique des coronavirus ainsi que leur prévalence chez ces populations.
Ce nouveau projet, financé par Montpellier Université d’Excellence et mené à Harare, vient compléter un projet international existant sur la génétique des coronavirus portés par les chauves-souris au Zimbabwe, en Guinée, au Cameroun et en République Démocratique du Congo.
