Depuis son émergence à Wuhan en Chine, la vitesse de propagation de la pandémie de Covid-19 associée à un manque de connaissances scientifiques et médicales sur cette épidémie souligne le besoin d’améliorer notre compréhension de la dynamique épidémiologique du SARS-CoV-2. Cette pandémie met de plus en évidence la nécessité d’intégrer l’environnement naturel dans l’épidémiologie des maladies infectieuses.

Le projet de recherche « Epidémiologie environnementale du Covid-19 en Guyane française » s’inscrit dans ce contexte et a pour objectifs :

  • de suivre l’évolution de l’épidémie et d’anticiper une future vague épidémique via le suivi de l’évolution de la charge virale présente dans les eaux usées
  • d’identifier la diversité génétique du virus qui circule en Guyane
  • d’utiliser les données cliniques et les données environnementales afin d’identifier de futures zones à fort risque d’émergence du Covid-19 en Guyane

Suivre l’évolution de la charge virale du SARS-CoV-2 dans l’environnement.

Les études ont montré que le virus SARS-CoV-2 est excrété par les personnes symptomatiques et asymptomatiques et se retrouve donc dans les eaux usées. Ce projet a donc pour objectif d’utiliser un outil simple et facile à mettre en œuvre (technique d’ADN environnemental) afin de suivre dans l’espace et dans le temps la présence et la concentration du virus dans les eaux usées. Cette méthode, en parallèle des tests cliniques, permet d’anticiper et d’alerter de futures vagues épidémiques à l’échelle de quartiers ou de villages/villes mais aussi de futurs foyers infectieux («clusters») en suivant l’évolution de la charge virale dans l’environnement, reflet de la charge virale chez les habitants.

Intégrées à des modèles épidémiologiques, les données pourraient permettre d’identifier des zones à fort risque de transmission et d’émergence du Covid-19.

Le projet EPI-COV est porté par un consortium IRD-CNRS composé de Marine Combe, virologue et microbiologiste à l’IRD, spécialisée en écologie de la santé; Soushieta Jagadesh, médecin spécialisée en épidémiologie tropicale, préparant actuellement son à doctorat à l’Université de Guyane; Mathieu Chouteau, biologiste au CNRS, généticien, responsable de l’équipe Ecologie et Evolution de la Biodiversité amazonienne du LEEISA à Cayenne et du laboratoire de biologie moléculaire; Rodolphe Elie Gozlan, écologue à l’IRD, spécialiste des relations entre changements de biodiversité et émergence des maladies infectieuses.

Projet scientifique porté par Marine Combe, chargée de recherche à l’IRD, laboratoire ISE-M, Montpellier. Contact : marine.combe@ird.fr

Acronyme du projet : EPI-COV

Budget total : 371 712 €

Financeurs : IRD, CNRS, ANR, CTG

Laboratoires impliqués : ISE-M (IRD) – LEEISA (CNRS)

Durée du projet : 1 octobre 2020 – 31 septembre 2021

 

Personnes impliquées dans le projet :

  • Dr Marine COMBE (IRD, chargée de recherche)
  • Dr Soushieta Jagadesh (IRD, Université de Guyane, médecin)
  • Prof. Rodolphe Elie Gozlan (IRD, directeur de recherche)
  • Dr Georgina Rivera-Ingraham (IRD, post-doctorante sénior)
  • Dr Emira Cherif (IRD, post-doctorante sénior)
  • M. Jean-Claude Doudou (IRD, technicien)
  • Mme Marie Ka Tilak (Université de Montpellier, ingénieure)
  • Dr Mathieu Chouteau (CNRS, chargé de recherche)