La résistance aux antimicrobiens (RAM) fait partie des priorités actuelles de santé publique. Les entérobactéries résistantes aux C3G par b-lactamase à spectre élargie (EBLSE) et aux carbapénèmes par carbapénémase (EPC) concentrent les inquiétudes : le support plasmidique des enzymes de résistance impliquées facilite le transfert de gènes de résistance (GRA), et la répartition ubiquitaire des entérobactéries au sein du monde vivant et de l’environnement abiotique permet de créer autant d’occasions de diffusion au sein ou à l’interface entre deux compartiments. La sélection et la propagation de GRA est impactée par une pléiade de facteurs, dont certains plus spécifiques des pays du Sud, comme les problématiques d’assainissement. La dynamique de propagation des EBLSE et EPC est donc un prototype d’interaction Homme-Animal-Environnement d’où la nécessité de l’appréhender par une approche transversale, dite One Health, comme le promeuvent l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) et les Nations Unies.

Objectifs scientifiques et de renforcement des capacités de la JEAI :

L'objectif principal est de déterminer la prévalence d’EBLSE et d’EPC en milieu rural et urbain au Cameroun, chez l’homme, les animaux (domestiques ou sauvages), et dans des niches environnementales ciblées. Une comparaison sera effectuée avec les taux de prévalence retrouvés en milieu de soins (hôpitaux de district et hôpital Central). Par ailleurs, nous étudierons la diversité génétique des populations bactériennes afin de décrire les éventuels transferts zoonotiques entre les différents compartiments (humain, animal, environnement).

Pour cela, nous réaliserons des enquêtes de prévalence transversales avec un échantillonnage adapté. La présence de BLSE et/ou d’EPC sera dépistée sur les selles humaines/animales ou les prélèvements environnementaux par ensemencement sur milieux sélectifs et confirmée par analyse phénotypique. Des analyses de biologie moléculaire, par PCR spécifiques pour l’ensemble des souches, et par séquençage du génome complet pour un site pilote, seront utiles pour décrire les supports de résistance, et permettre l’analyse phylogénétique des isolats. Des méthodes statistiques, incluant un système d’information géographique permettront d’étudier les liens épidémiologiques. L’objectif de la JEAI est ainsi de créer une nouvelle plateforme de biologie définissant un nouveau département au sein du laboratoire de recherche du CRFilMT en formant une équipe à même de pérenniser les techniques décrites sur site, avec tout l’enjeu que cela représente notamment pour le séquençage et ses utilisations à venir dans la détection d’émergences futures, que cela soit en lien avec la RAM ou avec le contexte sanitaire plus global (COVID-19).

Résultats attendus :

Nos résultats permettront de documenter la circulation, les mécanismes et les supports génétiques impliqués dans la RAM ainsi que de décrire les réussites dans la diffusion liées à des pratiques (épandage, hygiène/assainissement, chaîne alimentaire, etc…). La sensibilisation préalable à l’étude et la restitution des résultats seront l’occasion de promouvoir le bon usage des antibiotiques et des mesures d’hygiène/prévention du péril fécal, pour les populations ou les structures de soins. Enfin, les résultats obtenus pourront informer les autorités de santé publique dans l’établissement d’une stratégie nationale de lutte.

Période de soutien : 2022-2024