Implanté dans les Outre-mer depuis plusieurs décennies, l'IRD développe des activités scientifiques et de formation en partenariat, pour le développement, autour de quatre représentations : en Nouvelle-Calédonie, étendue à Wallis et Futuna, en Polynésie française, à La Réunion étendue à Mayotte et aux îles Éparses, et enfin en Guyane française.

Particulièrement vulnérables, ces territoires ultramarins réunissent un nombre important d'enjeux socio-environnementaux. L'Institut déploie sa stratégie Outre-mer, une priorité inscrite dans le Contrat d'objectifs, de moyens et de performance (COMP).