LMI PATHO-BIOS : observatoire des agents phytopathogènes en Afrique de l’Ouest

Le projet de LMI concerne l’étude de la biodiversité et la biosurveillance de 3 agents pathogènes du riz étudiés dans l’UMR RPB (virus de la panachure jaune du riz (RYMV), bactérie (Xanthomonas oryzae pv oryzae , X. o. pv oryzicola ) et nématodes (Meloidogyne spp.) et dans l’UMR DIADE (gènes de résistance). L’étude des champignons, notamment Magnaporthe oryzae qui infectent le riz, sera abordée en collaboration avec le CIRAD (UMR BGPI, D. Tharreau). Les prospections seront faites sur des parcelles communes d’expérimentation et seront réalisées pour l’ensemble des pathogènes.

Activités Virus :  l’équipe propose de mener l’étude de la biodiversité des principales maladies du riz en Afrique de l’Ouest selon les directions suivantes :

• caractériser par séquençage la collection d’isolats viraux de l’INERA ;

• élargir les prospections aux autres pays d’Afrique de l’Ouest, soit par des missions, soit en identifiant des chercheurs partenaires dans ces pays et, si nécessaire, en leur proposant un complément de formation en virologie moléculaire ;

• caractériser les propriétés pathogéniques et moléculaires de ces isolats ;

• modéliser l’évolution et l’épidémiologie de ces maladies en Afrique de l’Ouest par analyse des séquences ;

• tester expérimentalement certaines hypothèses sur la pathogénie dérivant de la modélisation.

Activités Bactérie

•  inventaire et caractérisation des bactérioses sur le riz à partir d'une campagne pluriannuelle de collecte ;

• étude de l’évolution des populations de X. oryzae en fonction des agrosystèmes et zones écologiques ;

•  développement et transfert des méthodes de typage moléculaire ;

• identification des gènes majeurs de virulence au sein des souches et identification des gènes de résistance.

Activités Nématodes : l’équipe propose des prospections et des échantillonnages dans les régions identifiées de référence :

• évaluation de l’incidence des attaques de nématodes sur le riz ;

• isolement des nématodes et caractérisation morphologique des genres présents : inventaire et répartition géographique des nématodes parasites du riz ;

• caractérisation moléculaire des espèces de Meloidogyne : identification des espèces et évaluation de la diversité des Meloidogyne attaquant le riz ;

• séquençage des gènes candidats de M. incognita infectant le riz : évaluation de la variabilité des protéines candidates ;

• identification de régions soumises à sélection ;

• sélection d’isolats représentatifs (« core collection »).

L’approche multipathogène à l’échelle de la plante et de l’agrosystème sera aussi abordée sur les aspects épidémiologique, dynamique des populations de pathogènes et durabilité des résistances.

L’objectif du projet est de mettre en place un observatoire des agents phytopathogènes en Afrique de l’Ouest en développant dans un premier temps, sur le riz, l’expertise et les outils nécessaires aux domaines de la virologie, bactériologie, nématologie et de renforcer la formation du personnel dans les domaines suivants : phytopathologie, épidémiologie moléculaire, résistance et contournements, et bioinformatique. De façon plus spécifique, le projet vise la caractérisation et l’étude de la diversité des pathogènes, et la biosurveillance des agents pathogènes en relation avec les changements globaux notamment climatiques . Par ailleurs, ce projet associé au laboratoire régional de biosécurité financé par l’UEMOA en cours d’installation sur le même site de Ouagadougou permettra de développer des synergies en recherche et formation dans les domaines des OGM (Biosécurité) et de la biosurveillance des pathogène s. Enfin, ce LMI sera un élément dynamique dans l’exploration des applications en Biotechnologie à partir des connaissances acquises des pathogènes (production de protéines recombinantes pour les enzymes de recherche, le développement des kits de diagnostic et la production de vaccin).

• NEYA James B , directeur de recherche INERA
• Christophe Brugidou , directeur de recherche IRD, UMR 186 - IPME
• Charlotte Tollenaere, UMR 186 - IPME

INERA de Kamboinsé et Bobo-Dioulasso

Laboratoire de virologie et biotechnologie végétale, INERA de Kamboinsé et laboratoire de phytopathologie à Bobo-Dioulasso.