La recherche à l'IRD s'appuie sur des unités mixtes de recherche (UMR), des unités mixtes internationales (UMI) et des unités mixtes de service (UMS) réparties dans cinq départements scientifiques.

 Ces unités mixtes sont rattachées administrativement à une délégation régionale de l’IRD (zone de compétence géographique) et relèvent scientifiquement d’un ou plusieurs départements scientifiques de l’IRD.

Des dispositifs de recherche tels que les Jeunes équipes associées à l’IRD (JEAI) et les laboratoires mixtes internationaux (LMI), destinés à favoriser l’émergence d’équipes ou de structures de recherche pérennes et autonomes au Sud, viennent compléter cette structuration. A cela s'est ajoutée plus récemment la création des groupements de recherche internationaux-Sud (GDRI-Sud).