Eric Leroy de l'UMR MIVEGEC coordonne deux projets dédiés à des investigations épidémiologiques sur la circulation du virus en cause dans l’épidémie mondiale qui sévit depuis le début de l’année 2020. 

Le premier, baptisé LACOVISS, financé par l’appel à projet flash COVID-19 SUD de l’ANRS?ANRS : Agence publique française de recherches sur le sida et les hépatites virales, est consacré à l’« Investigation épidémiologique du SARS-CoV-2 au Laos par une approche One-Health » tandis que le second, baptisé SPILLBACK, se penche sur l’« Endémisation du SRAS-CoV-2 dans la faune sauvage des forêts tropicales africaines suite à la propagation du COVID- 19 en République du Congo ». Ce dernier vient de recevoir un financement ANR-20-COV2?ANR : Agence Nationale de la Recherche. Dans les deux cas, les partenaires du Sud sont étroitement associés. L’étude laotienne est portée conjointement par Eric Leroy et Phimpha Paboriboune du Centre d’Infectiologie Christophe Mérieux du Laos. L’étude congolaise est portée quant à elle conjointement par Eric Leroy et Fabien Niama, directeur général du Laboratoire National de Santé Publique (LNSP) à Brazzaville en République du Congo. Ces deux projets espèrent démarrer d’ici la fin de l’année 2020 et s’étendront sur une durée de 18 mois.

Membre du groupe de travail « Coronavirus et zoonose émergente » au sein de l’Académie vétérinaire de France qui participe à l’action de la cellule COVID19 de l’Académie nationale de médecine, Eric Leroy (EL) répond à nos questions.

Vue quotidienne, Laos

© IRD - Pascale Hancart Petitet

Quels sont les enjeux de ces projets ?

EL – S’agissant du projet LACOVISS, face au très faible nombre de cas au Laos (19), l’enjeu est de déterminer si les populations laotiennes possèdent une immunité spécifique contre le SARS-CoV-2 ou une immunité croisée. Cette dernière aurait pu être acquise au contact des virus circulant dans la région et suffisamment proches du SARS-CoV-2 pour assurer une protection croisée. Nous cherchons à mettre cette hypothèse à l’épreuve.

S’agissant du projet SPILLBACK, l’enjeu est d’aborder la question cruciale de la colonisation de la faune animale des forêts tropicales humides d’Afrique par le SRAS-CoV-2 à la faveur de la propagation de l’épidémie en Afrique. Les similitudes socio-écologiques entre les régions tropicales forestières d’Afrique et celles d'Asie du Sud-Est, peuplée de réservoirs zoonotiques similaires, combinées à la propension extraordinaire du SARS-CoV-2 à franchir la barrière d’espèce et à infecter une grande variété d’animaux, laissent craindre l’introduction du SARS-CoV-2 dans la faune sauvage autochtone et son adaptation à de nouvelles espèces animales réservoirs.

Une chauve-souris peuplant une grotte gabonaise de la région d'Abanda

© IRD - Richard Oslisly

Quelles en sont les originalités ?

EL – L’originalité du projet LACOVISS est de mettre en évidence une circulation éventuelle en Asie du Sud-Est du virus responsable de l’épidémie de COVID-19 bien avant l’apparition officielle de l’épidémie en décembre 2019 et de la découverte du virus responsable. L’autre originalité serait de montrer l’existence et la circulation, dans la faune animale ou au sein des populations humaines, d’un virus suffisamment proche du SARS-CoV-2 pour induire une immunité croisée et donc une protection. Pour cela, notre étude repose sur une double approche rétrospective et prospective grâce à la présence d’une cohorte suivie pour syndrome grippal entre 2005 et 2015.

L’originalité du projet SPILLBACK est quant à lui d’enquêter sur le risque d’introduction et d’endémisation du SARS-CoV-2, directement ou par le biais des animaux domestiques, dans un nouvel environnement, celui de la faune animale des forêts tropicales humides de République du Congo. Pour cela, nous nous intéresserons à tous les acteurs susceptibles d’intervenir dans la chaîne des événements pouvant conduire – à partir des personnes malades - à l’introduction du SARS-CoV-2 dans la faune animale. Grâce à un suivi de 10 mois, nous collecterons et analyserons des échantillons biologiques d’animaux sauvages (chauves-souris, rongeurs, carnivores, mustélidés, pangolins ...) et des animaux domestiques vivant dans l’entourage de propriétaires et d’éleveurs malades de COVID-19.

Scène de vie quotienne au Laos

© IRD - Olivier Evrard

Sur quelles connaissances antérieures votre équipe s’appuie-t-elle ?

EL – Nous surveillons la circulation des SARS-CoV dans la région d’Afrique centrale depuis 2009. Notre équipe a donc une expertise dans des domaines clés : virologie, zoonoses virales, coronavirus, transmissions des virus de l’animal à l’Homme, et ses compétences couvrent à la fois le terrain et le laboratoire. La majeure partie des analyses seront réalisées chez nos partenaires, à savoir au CILM au Laos et au LNSP au Congo.

Chimpanzé au Cameroun

© IRD - Sabrina Locatelli

Quels sont les résultats attendus ?

EL – S’agissant du projet LACOVISS, nous devrions trouver du SARS-CoV-2 et / ou virus proches dans les échantillons anciens et montrer que les populations ont une sérologie anti-SARS-CoV-2 élevée. De plus, notre étude s’appuie sur l’approche One-Health et donc recherche la présence de SARS-CoV-2 ou de virus proches chez certaines espèces animales. Grâce à ce projet, nous pourrons également peut-être identifier le réservoir naturel du virus et ses hôtes intermédiaires.

S’agissant du projet SPILLBACK, nous espérons déterminer si le SARS-CoV-2 peut s’implanter (ou l’a déjà fait) dans un autre écosystème que son milieu naturel et originel du Sud-Est asiatique : ici celui des forêts tropicales humides africaines. Si cette hypothèse était vérifiée, il deviendrait urgent et impératif de mettre en place un réseau pérenne de surveillance de futures émergences de SARS-CoV-2 chez l’Homme à partir de nouveaux réservoirs zoonotiques au sein d’un environnement dépourvu en systèmes opérationnels d’alerte, de détection et de prise en charge.

Marché au Nord Laos

© IRD - Bernard Moizo

En quoi votre recherche répond-elle à la science de la durabilité ?

EL - Les deux projets répondent parfaitement à cette approche. Premièrement, ils sont transdisciplinaires en ce sens qu’ils mettent en action plusieurs disciplines scientifiques complémentaires (virologie, médecine humaine, médecine vétérinaire, écologie, sciences humaines et sociales). Deuxièmement, ces projets sont de véritables consortiums faisant appel à plusieurs acteurs (IRD, Université de Caen, CIML et Laboratoire national pour la santé animale pour LACOVISS ; IRD, université de Caen, LNSP et Département de l’élevage au Ministère de l’Agriculture, de l’Elevage et de la Pêche pour SPILLBACK). Troisièmement, les deux projets s’appuient fondamentalement sur une approche systémique, c’est-à-dire One Health, pour atteindre les objectifs fixés, en intégrant l’Homme, les animaux et l’environnement. Enfin, tous deux se focalisent sur une échelle locale (Laos et Congo) en tant que modèle d’étude dans le but de répondre à une problématique globale.
 

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IRD Le Mag' 

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Contact science : Eric Leroy, IRD, UMR MIVEGEC eric.leroy@ird.fr
 

Contacts communication : Fabienne Doumenge, Julie Sansoulet communication.occitanie@ird.fr